Pour revenir à Superman et le dessin animé JL, j'ai une "réponse"à ma question: ils ont plus ou moins éludé le problème.
Deux ans se sont écoulés et Superman a retrouvé la confiance de quasiment tout le monde (au point d'être en charge du démantèlement des armes nucléaires). En gros ils ont profité de l'ellipse temporelle pour ne pas avoir à développer les conséquences du final de sa série.
http://dcanimated.wikia.com/wiki/Secret_Origins